Un deuxième scénario dans lequel une tumeur pancréatique présente un danger, c'est quand le kyste s'avère malin. La tumeur peut être un cancer du pancréas à un stade précoce et être autonome. Cependant, il est également possible que le cancer a déjà commencé à se métastaser, d'étalement des cellules cancéreuses à des organes voisins, ainsi que d'autres parties du corps. Lorsque le cancer est suspecté, enlever le kyste est immédiatement l'approche habituelle.