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Tout au long du 18e siècle, l'histoire du microscope a été l'une des améliorations constantes. Avec plusieurs verres utilisés pour réduire les aberrations chromatiques, et de nouvelles techniques de broyage permettant encore plus de grossissements, le microscope a continué à devenir de plus en plus puissant. A la fin du 19ème siècle, Ernst Abbe avait exposé les maximums théoriques pour la résolution du microscope, dans son travail séminal abbé Sine Etat.
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Au 10ème siècle, le savant islamique Ibn al-Haytham a révolutionné l'étude de l'optique, et a apporté une contribution à un large éventail de domaines, y compris l'élaboration d'une méthode scientifique. Dans son texte fondateur, d'optique, il parle de «un dispositif grossissant, une lentille convexe formant une image agrandie." Cette description pourrait être considéré comme un exemple précoce d'une loupe ou microscope formelle. Travers le Moyen Age ces sortes de dispositifs ont été largement utilisés, y compris en Europe monastique sous la forme de pierres de lecture, qui étaient charnière dans l'histoire du microscope que c'était grâce à l'utilisation quotidienne qu'il a été découvert lentilles plus profondes agrandies avec une plus grande efficacité.
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Les premières lentilles peuvent être trouvés aussi loin que le 7e siècle avant notre ère en Assyrie, où les cristaux polis ont été utilisés. Le plus célèbre d'entre eux est l'objectif que l'on appelle Nimrud, découvert au palais de Nimrud. Cet objectif pourrait très bien avoir été utilisé comme une loupe, qui est à bien des égards un microscope simple, ou il peut avoir simplement été utilisé comme une lentille à mettre le feu avec la lumière du soleil. Certaines personnes croient même l'objectif Nimrud faisait partie d'un télescope très simple, aider les Assyriens dans leur compréhension complexe de l'astronomie.
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L'histoire du microscope est assez longue, s'étendant sur plusieurs cultures et les siècles différents. Il peut être difficile de déterminer l'histoire des débuts du microscope, tout simplement parce que ce qui peut à juste titre être considéré comme un microscope est ouvert à une certaine interprétation. Néanmoins, il s'agit d'une histoire riche et riche histoire, et on peut encore voir aujourd'hui dans l'héritage de microscopes antiques physiques, qui servent de pièces de collection pour de nombreux scientifiques.
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Le 20ème siècle a vu les plus grands bonds dans l'histoire du microscope, en commençant par le développement de microscopes qui pourraient voir des objets plus petits que les longueurs d'onde de la lumière, par Richard Zsigmondy, qui plus tard a remporté le prix Nobel de chimie. En 1932, cela avait été améliorée par la création du microscope à contraste de phase, ce qui permet aux objets d'être vu qui n'avait pas de couleur, pour qui Frits Zernike a remporté le prix Nobel de physique en 1953. Vers la même époque le microscope électronique a été inventé, permettant  pour beaucoup, beaucoup plus grossissements, jusqu'au niveau atomique, pour laquelle Ernst Ruska a remporté le prix Nobel de physique en 1986.
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À la fin du 16ème siècle, en Hollande, un certain nombre de différents fabricants de lunettes a commencé à faire ce qui peut être considéré comme l'ancêtre direct du microscope moderne. Tous les trois ont été crédité de son invention, et qui fut le premier à créer un microscope est à quelques discussions. L'un de ces inventeurs, Hans Lippershey, est également crédité d'inventer le premier télescope vrai, lui faisant un candidat probable. Les deux autres, Hans Janssen et son fils Zacharias, étaient toutes deux actives dans le monde de l'optique, et pourrait également probablement avoir créé un microscope. Le terme lui-même, cependant, a été inventé seulement vers 1625, pour décrire composé le microscope de Galileo Galilei.
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Plus récemment, Gerd Binnig et Heinrich Rohrer ont inventé le microscope à effet tunnel, qui permet non seulement l'agrandissement des objets jusqu'au niveau atomique, mais pour leur visualisation en trois dimensions. Pour l'invention de la plus moderne des microscopes, Binnig et Heinrich ont reçu le prix Nobel de Physique, également en 1986.
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