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Si une liaison chimique simple est tout ce qui doit être déterminée, l'utilisation d'un spectromètre de masse électrospray ne sera probablement pas nécessaire. Pour de plus grandes molécules telles que des peptides, cependant, la forme moléculaire et pliage moléculaire - interaction moléculaire avec même molécules environnantes - sont tout aussi importants. Dans de tels cas, il est essentiel que la molécule reste non fragmenté. La finesse nécessaire mandats l'utilisation d'un spectromètre de masse électrospray, qui ne nécessite pas l'utilisation soit des températures élevées ou sous vide.
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Un spectromètre de masse (MS) est un appareil électronique servant à identifier la structure chimique. Dans la plupart des procédures de spectrométrie de masse, les molécules sont bombardés électriquement, ce qui entraîne l'ionisation de la fragmentation. Les fragments sont ensuite accélérés magnétiquement vers les dispositifs de détection et d'enregistrement, ce qui entraîne des pics et intensités chercheurs peuvent étudier comme une sorte de précis "empreinte moléculaire."  Le spectromètre de masse électrospray (SME) fonctionne différemment - pas menant à la fragmentation. Il est donc indispensable pour l'étude des espèces de grande taille, ou de macromolécules.
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Le premier succès spectre de protéines intactes a été produite en 1989 par des chercheurs de l'Université de Yale dans le Connecticut. L'avancement dans la technique SME a été rapide, et en 1996 chimiste Carol Robinson détecté pics spectraux qui pourraient être associés, non seulement avec une structure unique, mais avec un complexe de protéines avec le coenzyme. Une amélioration majeure depuis, c'est le couplage de la spectrométrie de masse électrospray avec (TOF) analyse temps-de-vol. Refroidissement collision prend même que l'amélioration un peu plus loin en réduisant la fragmentation des immenses structures produites par la chaleur.
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Lors de l'utilisation d'un spectromètre de masse électrospray, un spécimen pur macromoléculaire est d'abord dissous dans un système solvant, qui est ensuite injectée par l'intermédiaire de l'aiguille dans l'alésage étroit d'un champ électrique à haute tension. Le solvant plutôt que le soluté reçoit le choc du bombardement. Lorsque le liquide atteint un niveau critique de la charge, la solution se brise violemment dans des gouttelettes d'aérosol de taille, leur charge les faisant individuellement pour repousser un autre. Bientôt, les gouttelettes s'évaporent, dépôt de leurs multiples charges sur les molécules encore intactes, qui, par répulsion intermoléculaire deviennent prolongée. Dans cet état, leur structure, même à des niveaux élevés de complexité, peut être étudié et déterminé.
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Une difficulté rencontrée dans électrospray déterminations spectromètre de masse est que présenté par isotopes élémentaires. C'est parce que les pics dépendent rapport masse sur charge. La masse d'un fragment ou d'une molécule, divisé par le nombre de charges discrètes qu'il porte, détermine l'emplacement. Différents isotopes élémentaires contribuent masses différentes, peut-être la variance la plus critique étant que, entre le carbone 12 et le carbone-13. Pour cette raison, des échantillons de molécules complexes doivent être monoisotopique si possible.
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