Lors de l'utilisation d'un spectromètre de masse électrospray, un spécimen pur macromoléculaire est d'abord dissous dans un système solvant, qui est ensuite injectée par l'intermédiaire de l'aiguille dans l'alésage étroit d'un champ électrique à haute tension. Le solvant plutôt que le soluté reçoit le choc du bombardement. Lorsque le liquide atteint un niveau critique de la charge, la solution se brise violemment dans des gouttelettes d'aérosol de taille, leur charge les faisant individuellement pour repousser un autre. Bientôt, les gouttelettes s'évaporent, dépôt de leurs multiples charges sur les molécules encore intactes, qui, par répulsion intermoléculaire deviennent prolongée. Dans cet état, leur structure, même à des niveaux élevés de complexité, peut être étudié et déterminé.