En raison du caractère infectieux de ces bactéries, ils peuvent en fait être utilisés pour lutter contre d'autres agents pathogènes agricoles. Depuis les années 1980, certains types de bactéries Pseudomonas, tels que Pseudomonas fluorescens, ont été appliqués directement sur les sols et les graines de manière à empêcher la croissance d'agents pathogènes des cultures. Cette pratique de dissuader un type d'agent pathogène avec un autre est généralement désignée sous le contrôle biologique. Un autre membre du genre Pseudomonas, qui a des propriétés de biocontrôle est Pseudomonas chlororaphis, qui elle-même produit un antibiotique qui est actif contre certains champignons qui attaquent les plantes. Il y a encore beaucoup d'études à faire dans le domaine de la lutte biologique, et les bactéries Pseudomonas peut encore prouver avoir des qualités utiles supplémentaires.