Un certain nombre de différentes espèces fongiques peut provoquer otomycose. L'agent étiologique le plus courant est Aspergillus, qui représente plus de 80% des cas. Candida, un type de champignon différente, est la deuxième cause la plus fréquente. Causes plus rares peuvent inclure Rhizopus, Actinomyces, et phycomycètes. Beaucoup de ces espèces fongiques sont répandues dans l'environnement et ne provoquent une infection de l'oreille externe patients à risque, tels que ceux qui ont un système immunitaire diminué ou qui sont atteints de diabète sucré.