Comme avec de nombreux immunisations, les inconvénients de vaccin contre l'hépatite A sont ses effets secondaires. Un des effets secondaires les plus communs provoqués par la vaccination contre l'hépatite A est une certaine quantité de douleur, enflure, des ecchymoses et rougeur au point d'injection. D'autres effets secondaires peuvent inclure des maux de tête, perte d'appétit, des nausées, fièvre légère et de la fatigue. Ces problèmes peuvent se produire dans les trois à cinq jours après le vaccin est fourni, et ils durent généralement plus longtemps que 48 heures.