Un microscope virtuel est une suite de logiciels et de données de composants qui permettent aux utilisateurs d'accéder à de véritables images d'archives, par Internet et de les explorer sur leur ordinateur, comme si l'aide d'un microscope réel. Il s'agit d'un outil de recherche, d'enseignement et d'apprentissage utile, mais est limitée par la taille de la bibliothèque d'images stockées et par la difficulté de rendre les images en trois dimensions observées à travers un microscope stéréo réelle. La nature virtuelle des images permet aux utilisateurs de manipuler et d'explorer des images en utilisant leur ordinateur de manière à cependant un microscope de base ne peut pas.