Colobomes peuvent aussi se former sur la lentille, la rétine ou du nerf optique. Un tel défaut ne peut généralement pas être détecté en regardant l'œil, mais il peut causer un certain nombre de problèmes de vision. Vue brouillée, la vision périphérique pauvres, irritation et rougeur des yeux et sont communs. Rarement, un colobome profond ou grande peut causer la cécité. Colobomes paupières, où une partie de la paupière supérieure ou inférieure ne forment pas entièrement, peuvent laisser l'œil sensible à la sécheresse chronique et des infections fréquentes.