Hypogonadisme chez les garçons peut causer des problèmes de croissance, ainsi que l'absence de développement musculaire et la croissance des poils du visage. Certains hommes atteints de ce trouble peuvent développer une dysfonction sexuelle, l'élargissement du sein ou de la perte de muscle. Filles atteints d'hypogonadisme peuvent connaître une croissance réduite, absence de menstruation et le manque de développement des seins. Bouffées de chaleur, baisse de la libido et la perte de la menstruation ont eu lieu chez certaines femmes à cette condition.