Un certain nombre de maladies peut impliquer la muqueuse de l'estomac. Comme d'autres cellules, les cellules épithéliales de l'estomac peuvent devenir cancéreuses, ce qui provoque le développement de cancers de l'estomac. La muqueuse de l'estomac peut aussi s'enflammer dans une condition connue comme la gastrite, ou ulcérée. Gastrite et les ulcères d'estomac peuvent être causés par une infection et l'alimentation. Ces conditions sont accompagnés par une douleur, comme la muqueuse de l'estomac délicat est irritée par l'acide sévère dans l'estomac, et beaucoup de gens l'expérience des vomissements, de la maladie de reflux acide, les brûlures d'estomac et autres problèmes gastro-intestinaux quand leurs garnitures d'estomac sont blessés.