Infections du système nerveux qui se concentrent sur le cerveau lui-même sont appelés encéphalite. Encéphalite signifie littéralement inflammation du cerveau, ce qui est presque toujours causée par une infection. Comme la méningite, la plupart des cas d'encéphalite sont très légers et peuvent même passer inaperçu, mais certaines infections sont mortelles. Des cas bénins de l'encéphalite produisent des symptômes pseudo-grippaux, alors que des infections graves peuvent provoquer des hallucinations, des convulsions et une paralysie partielle.