Dans un microscope à fluorescence, un échantillon peut être frappé par la lumière spécialement sélectionnés pour créer fluorescence. L'utilisation d'un filtre, le microscope ne permet que la longueur d'onde choisie pour accéder à l'échantillon, afin d'assurer la meilleure réaction. La source de lumière utilisée pour créer fluorescence peut varier, selon le type de microscope fluorescent et l'échantillon. Une des sources de lumière les plus couramment utilisés en microscopie fluorescente est une lampe à vapeur de mercure, ce qui crée une lumière extrêmement brillante. Un autre type de lumière fréquemment utilisée est la lampe à arc xénon, qui produisent une lumière semblable à la lumière du jour. Dans certaines situations, les lasers, plutôt que les lumières traditionnelles, peuvent être utilisés à la place.