On pourrait penser de génétique inverse comme une sorte de zone de la boîte noire de la recherche. Dans ce cas, la séquence génétique est à l'intérieur de la boîte noire, avec la fonction cachée par le chercheur. Le chercheur colle une main métaphorique dans la boîte à manipuler le contenu, puis voit comment la manipulation change la sortie de la boîte. Utilisation de la génétique inverse, les gens peuvent comprendre la fonction des séquences et des zones spécifiques du génome.