Les symptômes de ce syndrome dépendent de la substance mère utilisait. Les symptômes dépendent aussi de la fréquence et de la quantité de consommation de substances. Les symptômes d'un bébé peuvent se manifester de un à 10 jours après la naissance. Certains symptômes communs incluent la difficulté à dormir, tremblement, fièvre ou des sueurs, la diarrhée et des vomissements, une déshydratation, des problèmes d'alimentation, excessive et les pleurs aigus, des convulsions, taches sur la peau et les réflexes hyperactifs ou le tonus musculaire. Chez les bébés prématurés, les symptômes les plus courants sont des difficultés d'alimentation, des cris aigus, des tremblements et une respiration rapide.