Le système à trois domaines est une méthode de classification vie cellulaire qui a été initialement proposé par Carl Woese en 1990. Bien que le système à trois domaines rencontré une certaine opposition initiale, il a depuis été largement acceptée, grâce aux découvertes scientifiques qui ont soutenu la proposition de Woese . Dans le système à trois domaines, toute vie cellulaire peut être divisé en trois domaines: Archaea, Bacteria, et Eucaryotes, et chaque domaine peut être divisé en royaumes, embranchements, classes, etc.