Lorsqu'un patient est soumis à une procédure d'imagerie par résonance magnétique fonctionnelle, elle peut durer de 15 minutes à deux heures, en fonction de son but. Il est très important pour le patient de se coucher complètement immobile pendant tout ce temps, pour des images utilisables pour être obtenus. Cela peut être problématique pour les petits enfants ou ceux de certaines conditions psychologiques, mais les tentatives peut être fait pour répondre aux besoins de ces patients. Les sujets peuvent être présentés avec diverses informations sensorielles, ou être invités à effectuer des tâches mentales telles que la mémorisation au cours de l'examen, tandis qu'un médecin lit et interprète les domaines d'activité du cerveau telles qu'elles sont affichées sur un écran.