À l'emplacement du centromère, hétérochromatine est une forme de l'ADN satellite, qui est une chaîne de courtes séquences nucléotidiques répétitives. Normalement, l'ADN satellite n'est pas impliqué dans la transcription car il n'est pas dans ce cas. Il a aussi été connu pour être une forme hautement mutable de l'ADN sujettes à des effets cancéreux, mais, dans ce cas, l'hétérochromatine centromérique est un élément stable et protecteur du chromosome. L'emplacement semble jouer un rôle essentiellement structurelle ou architecturale, en servant de moyen de liaison pour le kinetchore, qui sont les emplacements de chaque côté d'un centromère du chromosome où les fibres de la broche sont fixés, pendant le processus de division cellulaire.