Une utilisation d'un microscope acoustique à balayage est dans l'évaluation non destructive des pièces usinées et d'autres produits. Le dispositif peut être utilisé pour rechercher les fissures, décollement, et d'autres défauts qui ne peuvent être identifiés par d'autres moyens, le tout sans causer de dommages à l'objet étudié. Microscopes acoustiques sont également utilisés dans la fabrication de très petits composants, dans le contrôle de qualité, et dans des études d'analyse de défaillance. Ils sont également utiles dans le domaine de la biologie, où leur imagerie détaillée et plus précise peut être utilisé pour en savoir plus sur la structure des organismes, les cellules, et divers phénomènes naturels.