En électrophorèse sur gel de l'ARN, l'étape supplémentaire de dénaturation est nécessaire avant que le gel peut être exécuté. Dans des conditions normales, des molécules d'ARN vont s'agglomérer ou se replier en structures secondaires, ce qui affecte la mobilité des fragments d'ARN à travers le gel. Pour éviter que cela ne se produise, l'échantillon d'ARN doit être dénaturé par adjonction d'un produit chimique, tel que le formaldehyde, à l'échantillon et le gel.