En utilisant un microscope à fluorescence spécial, le chercheur se penche sur l'échantillon. Si le gène ou d'un chromosome spécifique est présente dans les cellules de l'échantillon, il apparaît comme une lumière fluorescente sur un fond sombre. Les chercheurs peuvent facilement voir si le gène est présent ou non, et si c'est le cas, le nombre de copies du gène sont dans chaque cellule. Si le chercheur est à la recherche de l'emplacement d'un gène, il ou elle peut voir où sur le chromosome il est. Un microscope optique ordinaire ne peut pas être utilisé avec des poissons, parce que le colorant fluorescent dégage un niveau de lumière très faible.