L'encéphalite peut affecter la respiration en provoquant une détresse respiratoire ou de graves problèmes respiratoires. Détresse respiratoire, comme un choc, diminue la quantité d'oxygène se déplaçant à travers le corps. Si le processus d'infection est assez grave, il peut provoquer le corps de tomber dans un coma, un état d'inconscience. Méningite et l'encéphalite, pas traitées dans leur état le plus dangereux pourrait même causer la mort.