Les dérivés de l'acide phosphonique plus simple, tels que les structures ci-dessus, laissent l'atome d'hydrogène fixé directement au phosphore intacte. Il peut être remplacé, en revanche. Un exemple simple de cela est l'acide méthylphosphonique, CH3PO-(OH) 2, dans lequel l'hydrogène est remplacé par un groupe méthyle, CH3. Le sel disodique de l'acide méthylphosphonique est écrit CH3PO-(ONa) 2, tandis que la structure de l'ester diéthylique - méthylphosphonate de diéthyle - est écrit CH3PO-(OC2H5) 2. des dérivés d'aryle peuvent également être faites, dans lequel l'hydrogène est remplacé par une structure organique aromatique, tel que phényle (C6H5-), naphtyle (C10H7-) ou le p-tolyle (-C6H4CH3).