En plus de la gamme de limitation de mouvement dans une articulation et causer de la douleur, pigmentée villonodulaire synovite peut aussi manger dans l'os environnant, provoquant des lésions. Pour cette raison, il est nécessaire de traiter l'état, de préférence avant que les lésions ont commencé à se former. Le traitement consiste en une intervention chirurgicale pour enlever une partie de la membrane synoviale et la prolifération, la restauration de la commune à un état plus normal. Cependant, la récidive après la chirurgie est très élevé, près de 50%. Pour cette raison, certains médecins recommandent l'utilisation de la radiothérapie sur la commune de s'attaquer aux cellules qui se développent trop rapidement, dans l'espoir de prévenir un retour de la croissance excessive.