Le principal inconvénient de la biopsie percutanée est qu'il est moins précis que la biopsie chirurgicale ouverte, car il est difficile de voir exactement où l'aiguille va. Le choix d'utiliser la biopsie percutanée plutôt qu'une biopsie chirurgicale ouverte élimine également la chance de voir les environs à la recherche de signes de la mort des tissus, d'autres tumeurs, et des signes d'autres problèmes, ce qui signifie que, parfois, la gravité d'un état est sous-estimée. Il peut aussi être plus difficile à retirer des excroissances entières, une technique parfois utilisée lorsqu'un problème semble petit, avec le chirurgien de retirer le tissu problématique et l'envoyer loin pour une biopsie pour confirmer qu'il s'agissait d'un problème et de vérifier les marges du tissu à s'assurer que la tumeur maligne a été entièrement excisée.